น้ำตกคลองนารายณ์ นอกจากจะเป็นที่ตั้งของถ้ำพระนารายณ์ แหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์แล้ว ยังมีความสำคัญโดดเด่นเมื่อครั้งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เมือ่ครั้งยังมิได้เสวยสิริราชสมบัติื พระองค์ท่านผนวชเป็นพระภิกษุ ออธุดงค์รอนแรม ณ น้ำตกคลองนารายณืเป็นเวลานานมาก หลังขึ้นคลองราชย์ ทรงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างจุมภตเจดีย์ กลางลำธารนารายณ์ ไว้เป็นอนุสรณ์สถาน ต่อมา พ.ศ. 2419 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 เสด็จประพาสจันทบุรี ทรงพระราชนิพนธ์ตามรอยทูลกระหม่อม บรรยายลักษณะของจุลสีห์จุมภตเจดีย์ และทรงลงสรงน้ำที่อ่างหงษ์ และเมื่อปี พ.ศ.2517 น้ำป่าได้พัดพาองค์พระเจดีย์หักพังหมดสิ้นแล้ว

ตำบลคลองนารายณ์จึงเป็นตำบลที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์หลายยุคหลายสมัยพื้นที่ครอบคลุมตั้งแต่ น้ำตกคลองนารายณ์ โบราณสถานเมืองเพนียต วัดทองทั่ว วัดสระบาป และเขาถ้ำ ชุมชนดั้งเดิมของชาวชองชนพื้นเมืองเดิม มอญเขมร เป็นแหล่งรวมของศิลปวัฒนธรรมประเพณีเก่าแก่ ที่สืบทอดเจตนารมย์ของบรรพบุรุษจวบจนปัจจุบัน



น้ำตกคลองนารายณ์ อยู่ภายใต้การดูแลของอุทยานแห่งชาติน้ำตกพลิ้ว อยู่ห่างจากตัวเมืองจันทบุรี ประมาณ 14 กิโลเมตร อยู่ห่างจากตัวเมืองตราด ประมาณ 55 กิโลเมตร และอยู่ห่างจากหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติน้ำตกพลิ้ว ซึ่งทำหน้าที่ดูแลรักษาอุทยานแห่งชาติ รวมทั้งอำนวยความสะดวกและรักษาความปลอดภัยสำหรับนักท่องเที่ยว ทั้ง 7 หน่วย ดังนี้

1. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ พล.1 (น้ำตกตรอกนอง) ประมาณ 23 กิโลเมตร

2. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ พล.2 (บ้านอ่าง) ประมาณ 18 กิโลเมตร

3. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ พล.3 (น้ำตกคลองนารายณ์) ประมาณ 8 กิโลเมตร

4. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ พล.4 (น้ำตกมะกอก) ประมาณ 36 กิโลเมตร

5. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติ ที่ พล.5 (กงสีไร่) ประมาณ 18 กิโลเมตร

6. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติชั่วคราว ที่ พล.6 (น้ำตกคลองลาง) ประมาณ 15 กิโลเมตร

7. หน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติชั่วคราว ที่ พล.7 (เขาอ่าง) ประมาณ 45 กิโลเมตร